O Logótipo simboliza a amizade e os centenários laços que unem os dois povos, daí a referência a 1543. O Tratado de 1860 é um reatar de um relacionamento há muito estabelecido. As ondas estilizadas e a desconstrução cromática das bandeiras simbolizam o diálogo futuro, moderno e dinâmico entre Portugal e o Japão.
Este Logótipo marcará todas as actividades apoiadas pela Embaixada em 2010.